קשרים בין-דתיים קהילת הר-אל ידועה בהכנסת האורחים שלה ובקשריה עם קהילות יהודיות רבות בחו"ל. אורחים רבים מהארץ ומחו"ל באים בשעריה, לביתה היפה שבלב ירושלים. להר-אל רשת קשרים עניפה עם נוצרים בארץ ובעולם והיא פעילה מאוד בתחום הבין-דתי, בדיאלוג עם נוצרים ומוסלמים.